En 1914, les troupes allemandes sont sur le point d’envahir un village d’Afrique orientale dans lequel vit Rose, une Anglaise puritaine livrée à elle-même depuis la mort de son frère, le pasteur local. Charlie Allnut, un américain peu fréquentable, la recueille alors sur son bateau l’African Queen. Très vite, la cohabitation s’avère difficile pour ces deux personnages qui se querellent pour chaque décision à prendre